소개
GPT와 Alphafold를 활용하여 더 나은 성능의 신약?을 개발해 볼 수 있을까 라는 호기심에 다음 실험을 시도하였습니다.
진행 방법
생각한 실험 순서는 아래와 같습니다.
GPT에게 새로운 구조를 추천받는다.
Alphafold에 실행하여 구조적인 차이점을 비교하여본다.
구조적인 차이에 기인한 효과를 분석해본다.
위 실험을 수행하기 위하여 첫 오리엔테이션 시간에 스터디장 님께서 소개해주신 GLP-1과 GLP-1R의 구조를 reference로 하였고 바이오 지식이 부족한 저로서 새로운 서열을 추천 받기 위하여 GPT에 물어봤습니다.
이 추천을 직접 alphafold에 돌려서 비교하는 것을 시도하여 보았는데요.
일단 저 빨간 동그라미 부분이 노란색으로 변하긴 하였으나 큰 구조차이를 모르겠고 해석하는데 한계가 있어서 이를 GPT에 해석해달라고 요청해보려 하였습니다.
이후 반대의 경우도 궁금하여 GPT에게 안정성을 떨어뜨리는 case를 물어 동일하게 test 진행하여 보았습니다.
위 결과는 plDDT가 낮은 GLP-1R의 하단 꼬리 부분이 차이가 있는 것 외에는 큰 차이를 발견하지 못하였습니다.
결과와 배운 점
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