의료바이오 허깅페이스🤗 탐방하기

#9기 #9기HuggingFace

소개

안녕하세요. 저는 9기 허깅페이스 부트캠프 강성준입니다!

현재 신약개발 분야에 뛰어들어 연구원으로 열심히 구르고 있습니다.

바이오는 이공계 중에서 가장 컴퓨터와 친하지 않은, 마치 E 중에 가장 I 같은 전공입니다.

그렇다보니 AI를 공부할려고 해도 수학과 코딩이라는 벽에 턱턱 걸릴리기 마련이었는데요.

이번에 이렇게 좋은 기회가 맞닿게 되어서 용기내어 도전해보았습니다.

AI 신약개발

AI, 그 중에서도 Generative AI를 이용한 신약 개발은 이미 상업화 수순을 밟고 있고, 해외의 Insilico medicine, Exscientia, 그리고 엔비디아에서 5천만불 투자를 유치한 Recursion phamaceuticals 그 외에도 수많은 기업들이 뛰어들고 있는, 빠르게 성장하고 있는 유망한 분야입니다. 허깅페이스를 이용해서 이런 신약개발 분야의 AI적용 가능성을 공부해보고자 합니다

의료바이오 HuggingFace 탐방

오늘은 첫시간인 만큼, 일단 무엇을 공부할지 탐색하는 과정의 일환으로 허깅페이스에 의료 바이오 관련 model이나 space가 얼마나 있는지 먼저 탐방해보았습니다!

<허깅페이스 Space 첫화면에서 “Medical”검색 - 첫느낌은 몇개 없다..!>

Llama-2-GGML Medical Chatbot (space) – 엄청 오래 걸림(작동 X)

• Space: Llama 2 GGML Medical Chatbot - a Hugging Face Space by ThisIs-Developer

• Model: TheBloke/Llama-2-7B-Chat-GGML · Hugging Face

• GitHub: GitHub - ThisIs-Developer/Llama-2-GGML-Medical-Chatbot: Llama2-Medical-Chatbot is a medical chatbot that uses the Llama-2-7B-Chat-GGML model and the pdf The Gale Encyclopedia of Medicine, Volume 1, 2nd Edition. It is still under development, but it has the potential to be a valuable tool for patients, healthcare professionals, and researchers.

Explore Medical Question Answering Datasets 🏥 (space) – 검색기능 뿐?

• Space: Medical Question Answering Datasets - a Hugging Face Space by lavita

lavita/ChatDoctor-HealthCareMagic-100k : 의사처럼 질문답변 챗봇

• Model: lavita/ChatDoctor-HealthCareMagic-100k · Datasets at Hugging Face

lavita/ChatDoctor-iCliniq : 의사처럼 질문답변 챗봇2

• Model: lavita/ChatDoctor-iCliniq · Datasets at Hugging Face

헬스케어 어플 개발 기업이었다!

• 회사 홈페이지 : https://www.lavita.ai/

DrugGEN: Target Centric De Novo Design of Drug Candidate Molecules with Graph Generative Deep Adversarial Networks

• Space: Druggen - a Hugging Face Space by HUBioDataLab

• GitHub: GitHub - HUBioDataLab/DrugGEN: Official implementation of DrugGEN

• 논문: 2302.07868.pdf (arxiv.org)

• Start generating을 누르면 약물이 짜잔하고 나옵니다!!!

• 저는 이걸 보고 너무 신기했습니다. 신약개발 머신러닝 딥러닝 강의에서 공부했던 예측, 분류, 검증 같은 방법과는 다른 “생성”이라는 매력에 빠지게 된 계기!

• SMILES(화합물 구조식)형태로 Generation되는것같습니다.(공부중…!)

• 저기 옵션중에 Druggen은 특정 정해진 타겟, NoTarget은 랜덤돌리기 같습니다.

• 논문도 게시되어 있습니다! (…아직 안읽어 봄! 읽어볼 예정입니다.

DE-IDENTIFICATION OF ELECTRONIC HEALTH RECORDS (space) – 의료 개인정보 삭제!

• Space: Medical Note Deidentification - a Hugging Face Space by obi

• Model: obi/deid_roberta_i2b2 · Hugging Face

obi/deid_bert_i2b2 · Hugging Face

Medical Diagnosis : 증상을 적으면 %로 진단명 제시! 재밌다!

• Space: Medical Diagnosis - a Hugging Face Space by segadeds

이상으로 첫번째 부트캠프 발표를 마치겠습니다! 다함께 성장했으면 합니다.🥰