.치매와 돌봄에 대해서 내가 해본것 기록하기 - 2차

소개

1주처 해봤던 " 치매와 돌봄에 대해서 내가 할수 있는 것 조사하기 - 1차 " 에 의무적으로 하고자는 2주차 사례글 작성해봅니다.

설연휴가 겹쳐있어서 약간의 쉼이 있어서 제가 해본 단백질 구조 설계 시행착오(?)를 정리해보겠습니다.

진행 방법

언제나 ChatGPT를 괴롭히기 시작합니다.

알츠하이머 기전인 베타 아밀로이드 응집 억제를 위한 단백질 설계 목표를 아래와 같이 제시해주었습니다

[From ChatGPT]==============================================================

> BetaAmyloid DAEFRHDSGYEVHHQKLVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVV DesignedPeptide XXXXXX (설계한 펩타이드 서열)

에서 알츠하이머병 단백질 치료제의 단점을 극복하기 위한 새로운 구조 설계는 기존 약물의 작용 기전과 한계를 개선하며, 보다 높은 선택성과 낮은 부작용을 목표로 합니다. 아래는 제안하는 구조 설계 방향입니다:

1. 표적 특이성 향상

  • 기존 단점: 비특이적 결합으로 인한 부작용 및 효능 저하.

  • 제안 설계

    1) 항체-약물 접합체 (ADC): 항체와 치료 물질(예: 효소 억제제)을 결합해 베타-아밀로이드만을 표적으로 제거.

    2) 다중 에피토프 타겟팅: 단일 에피토프(target site) 대신 다중 에피토프를 표적화하여 약물의 선택성을 높이고, 베타-아밀로이드의 응집 방지와 플라크 제거를 동시에 수행.

    3) 펩타이드 기반 약물: 베타-아밀로이드 단백질의 특정 결합 영역에 강하게 결합하는 펩타이드를 설계하여 효과적인 제거를 유도.

2. 약물 전달 효율 향상

  • 기존 단점: 약물이 뇌혈관장벽(BBB)을 통과하지 못해 효능이 저하됨.

  • 제안 설계:

    1) 나노입자 기술 활용: 약물을 나노입자에 캡슐화해 BBB 통과를 용이하게 하고 약물의 안정성을 높임.

    2) 지질 나노입자(LNP): 약물을 지질로 코팅하여 뇌로 효과적으로 전달.

    3) TfR 기반 전달: 트랜스페린 수용체(TfR)를 표적으로 하는 약물 전달 시스템을 사용해 뇌로의 약물 전달을 강화.

3. 부작용 최소화

  • 기존 단점: 면역 반응이나 염증 유발.

  • 제안 설계:

    1) Fc 영역 변형 항체: 항체의 Fc 영역을 변형하여 비특이적 면역 반응 억제.

    2) 염증 억제 펩타이드 첨가: 항염증 효과를 갖는 펩타이드를 병합하여 염증 반응 최소화.

    3) 자가 면역 회피 기술: 약물을 환자 자신의 면역 시스템과 호환되게 설계.

4. 다중 기전 약물

  • 기존 단점: 단일 작용 기전으로 인한 제한된 효능.

  • 제안 설계:

    1) 베타-아밀로이드 및 타우 단백질 동시 표적화: 알츠하이머의 두 가지 주요 병리기전을 모두 억제.

    2) 신경 염증 및 산화 스트레스 완화: 항염증제와 항산화제 기능을 겸하는 약물 설계.

    3) 시냅스 보호 기전 추가: 시냅스 손상을 방지하는 신경보호 물질을 병합.

5. 예시 구조

  • 다중 표적 항체-약물 접합체(ADC):

  • 항체: 베타-아밀로이드와 타우 단백질의 특정 에피토프를 표적으로 설계.

  • 약물: 플라크 제거 효소와 항염증 펩타이드 결합.

  • 운반체: 나노입자 기반 BBB 통과 설계.

  • 펩타이드 기반 나노입자 약물:

  • 펩타이드: 베타-아밀로이드 응집 억제.

  • 나노입자: 약물 안정화 및 BBB 통과를 위한 전달체.

  1. 결론

새로운 설계는 기존 단백질 치료제의 효능을 유지하면서도 부작용을 줄이고 전달 효율을 개선하는 데 중점을 둡니다. 특히, 나노기술과 다중 표적화를 활용하면 치료 효율이 향상될 가능성이 큽니다. 초기 설계 이후에는 컴퓨터 시뮬레이션과 실험적 검증을 통해 구조를 최적화하는 과정이 필요합니다.

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내용을 요약해달라고 해서 다시 정리해서 답변을 받아봅니다. 역시나 ChatGPT는 저에게 다시 친절하게 알려줍니다.

한국어 텍스트가있는 검은 색 화면
l한국어 텍스트가있는 검은 색 화면
배쉬 - 스크린 샷
한국어 텍스트가있는 검은 색 화면
"한국의 배쉬 - 스크린 샷

역간은 이해가 되기도 하고 어려운 용어도 여전히 나옵니다만 무엇을 공략해야 할지 약간의 감을 잡습니다.

여기서 알파폴드서버에 기입할수 있게 입력칸도 알려달라고 합니다.

4 Alphafold Fasta- 스크린 샷

앗 알파폴드서버에 입력하는 값과 다른 코드가 나와서 다시 물어보았습니다

전화에 한국어 앱의 스크린 샷

그래서 받은 답변은 다음과 같습니다

표적 단백질 서열 - 스크린 샷

오호 1차설계안이 나왔습니다 바로 알파폴드 서버 접속해서 실행해보았습니다.

웨이브 이미지를 보여주는 컴퓨터 화면의 스크린 샷

다시 한번 설계해본 코드가 제대로 들어간지도 확인해줍니다.

많�은 숫자가있는 검은 색 화면

제대로 들어가긴 했군요..... 위의 데이터를 상세분석 해달라고 ChatGPT에 부탁해봅니다.

검은 색 화면에 문자 메시지의 스크린 샷

한국어 텍스트가있는 검은 색 페이지
한자가있는 검은 색 화면

갑자기 머리속에서 ChatGPT 를 괴롭해보기로 합니다. 2차 도전합니다.

검은 배경의 한국어 목록

이렇게 개선안을 받아서 알파폴더서버에 넣을수 있도록 각각의 칸의 입력값을 예시로 보여달라고 했습니다.

한국어 텍스트가있는 검은 색 화면

개선안을 알파폴드서버에서 부리나케 봇붙해서 올려봅니다. 두두두두~

아 생각보다 수치가 낮게 나옵니다. ㅜㅜㅋ

배열을 기입한 것에는 오류가 없어 보이는데 왜 그럴까 다시 비교해봐야 겠다고 생각합니다.

일단 1차분석파일과 2차분석파일을 다운로드 받아서 ChatGPT 의 기독교의 뽕을 뽑으려고 다시 던져드립니다. 왜 나쁘게 나온걸까? 난 돈을 냈는데 ㅡㅡㅋ

한국어 문자 메시지의 스크린 샷

역시 결과가 안좋게 나왔고 개선안도 해야할일이 상당히 보였습니다.

한국어 텍스트가있는 검은 색 화면

........................................................................................................................................<작성중>

배운 점

1) 알파폴드서버 + GhatGPT 로 설계한 단백질 구조결과물들은 대체적으로 수치가 낮아졌다.

2) 화학/기본지식이 없고 시도하기에는 너무 막막한 방향이었다.

3) 티켓/목표가 설정이 되면 관련 자료(논문/서적)을 통한 학습을 해서 알파폴드서버에서 + ChatGPT 는 보조도구로써의 활용방안을 찾아야 겠다.

도움 받은 글 (옵션)

참고한 지피터스 글이나 외부 사례를 알려주세요.

당연히 팀원과 스티디장님의 관심/조언이었습니다. 단백질설계에도 도전해봤다는 것에 이번주는 사례를 만족하려고 합니다. ^^

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1개의 답글

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